Autorisation environnementale : les évolutions à connaitre pour mettre en œuvre et sécuriser ses projets

Les dernières semaines ont été marquées par plusieurs actualités portant sur différents aspects des autorisations environnementales, lesquelles doivent être connues des pétitionnaires afin de sécuriser leurs projets et mettre en œuvre l’ensemble des possibilités offertes par ces évolutions.

A ainsi été publié un décret précisant les modalités selon lesquelles la raison impérative d’intérêt public majeur, condition essentielle pour l’obtention d’une dérogation espèces protégées, peut être reconnue de manière anticipée dès le stade de la déclaration d’utilité publique ou de la déclaration de projet (1). En outre, est soumis à consultation le projet de décret qui permettra aux porteurs de projet de différer temporellement, sous conditions, la mise en œuvre des mesures de compensation (4).

Plusieurs décisions ont également porté sur les pouvoirs du juge en matière de régularisation des autorisations environnementales dont il aurait constaté l’illégalité, précisant dans quelles conditions le juge peut lui-même prescrire une mesure de réduction (2) et les conditions de régularisation d’une dérogation espèces protégées manquante ainsi que les modalités de contestation des mesures de régularisation (3).

Enfin, la Cour de justice de l’Union européenne s’est prononcée sur la possibilité d’exempter certains projets de la procédure d’évaluation environnementale (5).

1. Dérogations espèces protégées : précisions sur la reconnaissance anticipée de la raison impérative d’intérêt public majeur

Lorsqu’un projet nécessite une dérogation espèces protégées fondée sur une raison impérative d’intérêt public majeur, la reconnaissance de cette raison constitue une condition déterminante de sa réalisation. Le dispositif de reconnaissance anticipée permet au pétitionnaire de faire examiner cette condition dès la déclaration d’utilité publique ou la déclaration de projet prononcée par l’État, sans attendre la délivrance de la dérogation. Élargi par la loi du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique, ce mécanisme vise ainsi à sécuriser plus en amont la poursuite du projet.

Son intérêt est également contentieux : la reconnaissance de la raison impérative d’intérêt public majeur doit être contestée à l’occasion du recours contre la déclaration qui la porte, ou contre l’acte ultérieur procédant à cette reconnaissance. Elle ne peut plus être discutée à l’appui du recours contre la dérogation espèces protégées. Pour le porteur de projet, ce dispositif permet donc d’anticiper le débat sur cette condition et, une fois sa reconnaissance devenue définitive, de sécuriser cet aspect de la future dérogation.

Le décret du 23 octobre 2026 accompagne cet élargissement en adaptant les éléments à fournir par le pétitionnaire. La démonstration peut désormais expressément s’appuyer, selon la nature du projet, sur ses bénéfices en matière de transition énergétique, de sécurité, de santé ou de défense, au-delà de ses seules retombées économiques et de la création d’emplois. Il s’agit ainsi de permettre une justification adaptée à la diversité des projets susceptibles de bénéficier du dispositif. Le décret organise également sa mobilisation, sous les conditions prévues par la loi, pour des projets ayant déjà fait l’objet d’une déclaration avant le 26 mai 2026.

Cette reconnaissance anticipée ne vaut toutefois pas délivrance de la dérogation : le pétitionnaire demeure tenu de démontrer l’absence de solution alternative satisfaisante et le respect de la condition tenant au maintien des populations des espèces concernées dans un état de conservation favorable. L’avantage consiste donc à sécuriser en amont l’une des conditions de la dérogation, sans préjuger de la satisfaction des deux autres.

2. Précisions sur l’office du juge lorsqu’il prescrit une mesure de réduction

Par une décision en date du 15 octobre 2026, le Conseil d’État affine sa position sur les pouvoirs du juge du plein contentieux et sur les modalités selon lesquelles celui-ci peut prescrire des mesures d’évitement et de réduction des impacts d’un projet sur l’environnement.

Dans cette affaire, le Préfet avait délivré une autorisation environnementale pour la construction et l’exploitation d’un parc éolien. Cette autorisation avait été contestée par une association, dont la requête avait été rejetée par la Cour administrative d’appel. Les associations contestaient notamment l’absence de dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées (dérogation espèces protégées) pour le milan royal. Il importe de préciser à cet égard qu’une telle dérogation est requise si le projet représente un risque suffisamment caractérisé pour une espèce protégée.

La Cour avait notamment relevé qu’aucune des mesures d’évitement et de réduction présentées par le pétitionnaire ne permettait de réduire le risque d’impact sur cette espèce à un niveau qui ne serait pas suffisamment caractérisé (ce qui constitue donc le seuil pour que l’obtention d’une dérogation espèce protégée soit requise). Elle a alors modifié elle-même les prescriptions de l’autorisation environnementale pour y intégrer une nouvelle mesure de réduction et subordonné la mise en service du parc à une validation préalable par l’autorité administrative de la fiabilité de cette mesure.

Le Conseil d’État considère toutefois que la Cour a ici méconnu son office, puisqu’il lui appartenait de s’assurer que les prescriptions qu’elle avait édictées présentaient des garanties d’effectivité telles qu’elles permettaient de considérer que le risque existant pour une espèce ne serait pas suffisamment caractérisé. Elle ne pouvait ainsi renvoyer à l’administration le soin de vérifier la fiabilité de la mesure prescrite.

Le juge est donc tenu de s’assurer de l’effectivité de la mesure qu’il prescrit.

Le Conseil d’État censure ainsi la décision de la Cour administrative d’appel.

3. Actualités sur la régularisation des autorisations environnementales

Ces deux décisions apportent des précisions complémentaires sur la régularisation des autorisations environnementales et sur les modalités de contestation des décisions prises à cette fin.

Dans la première affaire, la Cour administrative d’appel de Lyon avait refusé de surseoir à statuer pour permettre l’obtention d’une dérogation espèces protégées, en opposant le caractère définitif de son précédent arrêt.

Le Conseil d’État censure ce raisonnement : la question de l’obtention de cette dérogation demeurant en litige après cassation et renvoi, son absence pouvait, par elle-même, faire l’objet d’une régularisation sur le fondement de l’article L. 181-18 du Code de l’environnement.

Réglant l’affaire au fond à l’occasion de ce second pourvoi, le Conseil d’État accorde au pétitionnaire un délai de dix-huit mois pour obtenir la dérogation. La décision illustre ainsi la possibilité de mobiliser le mécanisme de régularisation à un stade avancé du contentieux, pour la partie de l’autorisation qui demeure en discussion.

La seconde affaire concerne la contestation d’un arrêté modificatif délivré pour régulariser l’autorisation environnementale d’une carrière, à la suite d’un sursis à statuer.

Cet arrêté avait été communiqué aux requérants dans l’instance initiale, au cours de laquelle ils avaient contesté sa légalité. La Cour avait ensuite constaté la régularisation et rejeté leur demande par un arrêt devenu définitif.

La Cour administrative d’appel de Nantes juge que ces mêmes requérants ne peuvent engager un nouveau recours autonome contre l’arrêté de régularisation. Elle écarte également l’atteinte alléguée au droit au recours, dès lors qu’ils avaient pu discuter sa légalité dans l’instance initiale.

La décision souligne ainsi la nécessité, pour les parties à l’instance, de présenter leurs contestations de la mesure de régularisation dans le cadre du contentieux en cours.

4. Mesures de compensation : le projet de décret sur leur mise en œuvre différée en consultation

Dans le cadre de la mise en œuvre des projets et de leur définition, des évolutions sont à anticiper en matière de compensation des atteintes à l’environnement.

La loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique a en effet, par son article 42, apporté des modifications aux modalités de mise en œuvre des mesures de compensation à ces atteintes (cf. notre article sur le sujet). Cette disposition a modifié l’article L. 163-1 du Code de l’environnement afin de prévoir la possibilité de décaler leur mise en œuvre dans le temps, concernant les pertes intermédiaires de biodiversité, pour qu’elles soient effectives dans un délai raisonnable. Ce décalage dans le temps n’est toutefois possible que lorsque la complexité ou les délais nécessaires à la mise en œuvre des mesures de compensation ne permettent pas de respecter l’exigence auparavant imposée que celles-ci soient effectives pendant toute la durée des atteintes.

Un projet de décret, soumis à consultation du 20 octobre au 13 novembre 2026, vise à préciser ce nouveau dispositif.

Sont ainsi définis dans ce projet :

Les conditions de recours à la mise en œuvre différée : le projet de décret identifie cinq éléments qui doivent être pris en compte par l’autorité administrative compétente. Il s’agit à grands traits (i) des caractéristiques des impacts du projet sur la biodiversité, (ii) des caractéristiques des espèces concernées (état de conservation, fonctionnalité des habitats, cycles biologiques, etc.), (iii) des caractéristiques des mesures de compensation à mettre en œuvre (nature, complexité), (iv) des délais nécessaires à la sécurisation foncière des mesures, (v) à la capacité des mesures envisagées de répondre à l’objectif d’absence de perte nette.
Les éléments devant appuyer cette demande : il s’agira notamment de justifier le recours à une mise en œuvre différée au regard des critères ci-avant énoncés et du délai sollicité. Il est précisé dans le projet de décret que le contenu de la demande devra être proportionné à l’importance des atteintes et à l’état de conservation des espèces, des habitats et des fonctions écologiques concernés ;
Les modalités d’encadrement et de suivi des mesures de compensation : le contenu de l’arrêté permettant la mise en œuvre différée est précisé (mesures de compensation concernées, délai dans lequel elles doivent être mises en œuvre, échéances intermédiaires, résultats qu’il est visé d’atteindre et, le cas échéant, les mesures complémentaires prévues pour prévenir ou compenser les pertes nettes intermédiaires de biodiversité) et le bénéficiaire devra réaliser et remettre un rapport de réalisation des mesures de compensation dans un délai de quatre mois suivant leur achèvement

Seront concernées, selon ce projet, les autorisations environnementales et toute décision administrative autorisant un projet et lui prescrivant des obligations de compensation.

5. Evaluation environnementale : certains projets ne peuvent en être exemptés

La simplification des procédures administratives ne dispense pas les porteurs de projet d’examiner leurs incidences sur les sites Natura 2000. C’est l’enseignement opérationnel de l’arrêt rendu par la Cour de justice de l’Union européenne le 22 octobre 2026, à propos d’un captage d’eaux souterraines soumis, en droit belge, à une simple notification.

La Cour rappelle qu’une exemption par catégorie suppose de pouvoir exclure avec certitude, sur la base d’éléments objectifs, des effets significatifs sur un site protégé, y compris en combinaison avec d’autres projets. La modestie d’une opération ne garantit donc pas celle de ses incidences : celles-ci dépendent aussi de la sensibilité du milieu et du cumul des pressions qu’il subit.

Pour les maîtres d’ouvrage, l’enjeu est d’intégrer cette vérification dès la conception du projet, même lorsque celui-ci relève d’une procédure administrative allégée. Il convient notamment d’identifier les sites susceptibles d’être affectés, les interactions avec leur fonctionnement écologique et les effets cumulés avec les autres opérations. La localisation du projet à l’extérieur du périmètre Natura 2000 ne suffit pas davantage à écarter la question de ses incidences.

En pratique, la sécurité du projet repose donc sur une justification écologique de l’absence d’incidences significatives, et non sur le seul constat qu’un seuil administratif n’est pas franchi. Cette approche invite à anticiper les études nécessaires pour éviter qu’une dispense supposée acquise ne devienne, au stade du contentieux, un facteur de fragilité de l’opération.