Par une décision en date du 18 juillet 2025, le Conseil d’Etat s’est prononcé sur les moyens pouvant être soulevés à l’encontre d’une dérogation espèces protégées.

Dans cette affaire, le Département du Loiret avait obtenu une déclaration d’utilité publique, une autorisation « loi sur l’eau », ainsi qu’une dérogation espèce protégée, fondée sur l’article L. 411-2 du Code de l’environnement, pour la réalisation d’une déviation d’une route départementale et pour la création d’un pont.

Une association contestait cette dernière décision, en arguant notamment du fait que la dérogation espèces protégées ne portait pas sur l’ensemble des espèces affectées par le projet. La Cour administrative d’appel de Versailles avait écarté ce moyen qu’elle avait considéré inopérant.

Le Conseil d’Etat censure toutefois ce raisonnement et expose qu’il est possible de soulever, à l’encontre d’un arrêté portant dérogation espèces protégées, un moyen tiré du fait qu’elle ne porte pas sur l’ensemble des espèces affectées par le projet. Le juge doit alors apprécier la légalité de la dérogation espèces protégées à la date à laquelle elle a été adoptée et au regard des pièces produites par les parties, mais en prenant en compte toute éventuelle dérogation modificative accordée postérieurement.

Le juge relève en l’espèce qu’une dérogation modificative a été accordée pour couvrir l’ensemble des espèces protégées pour lesquelles le projet représente un risque suffisamment caractérisé.

Il estime également que la dérogation accordée remplie l’ensemble des conditions posées par l’article L. 411-2 du Code de l’environnement. Notamment, il indique que le projet du Département du Loiret répond à une raison impérative d’intérêt public majeur dans la mesure où le projet va améliorer le cadre de vie des habitants des communes traversées, renforcer la sécurité des usagers, développer les capacités d’évacuation des populations en cas de crue importante de la Loire et améliorer les conditions de circulation dans l’Est de l’agglomération d’Orléans.