Le Conseil d’Etat s’est prononcé par une décision en date du 16 décembre 2025 sur la temporalité et les conditions dans lesquelles le préfet doit exiger du porteur de projet qu’il sollicite une dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées (dérogation espèces protégées).

Le préfet avait accordé à une société l’autorisation environnementale lui permettant d’exploiter plusieurs éoliennes, laquelle n’incluait pas de dérogation espèces protégées. Des associations avaient alors sollicité du préfet qu’il enjoigne à l’exploitant de déposer une telle demande de dérogation, considérant que le projet présentait un risque suffisamment caractérisé pour des espèces protégées. Le préfet ayant refusé de donner droit à cette demande, ce refus était donc contesté devant les juridictions et la Cour administrative d’appel avait rejeté la demande des associations en se fondant sur la circonstance que les éoliennes en cause n’avaient pas encore été construites ni mises en service.

Le Conseil d’Etat commence par rappeler qu’il revient au préfet sur le fondement de l’article L. 171-7 du Code de l’environnement, notamment lorsqu’il est saisi d’une telle demande par un tiers, de mettre en demeure l’exploitant d’une installation classée pour la protection de l’environnement (ICPE) de déposer une demande de dérogation espèces protégées dès lors qu’il existe un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces du fait de son fonctionnement. Le cas échéant, il doit assortir sa mise en demeure de mesures conservatoires.

Le juge précise ensuite, et c’est là tout l’intérêt de cette décision, que ce principe trouve à s’appliquer non seulement en cours d’exploitation de l’installation, mais également avant, lorsqu’elle n’est pas encore exploitée. Ainsi, et même si les travaux de construction n’ont pas encore débuté, le préfet doit exiger de l’exploitant qu’il dépose un dossier de demande de dérogation espèces protégées si des circonstances de fait nouvelles font apparaître que ces travaux ou le fonctionnement de l’installation seront susceptibles de présenter pour les espèces protégées un risque suffisamment caractérisé.

L’arrêt de la Cour administrative d’appel est donc annulé.