Par un arrêt du 25 mars 2025, le Conseil d’Etat s’est prononcé sur la légalité d’une délibération de l’Agence de l’Eau Loire Bretagne adoptant son programme d’intervention. Dans cette affaire, de nombreuses associations mettaient en cause la délibération en tant qu’elle adoptait l’objectif n°3 intitulé « Restaurer la continuité écologique de manière coordonnée sur un bassin versant » lequel prévoyait de financer plus largement « les études et travaux d’effacement, d’arasement d’ouvrages » (aides accordées à hauteur de 70 %) par rapport aux « études et travaux d’aménagement » de tels ouvrages (aide de 50 %) pour les cours d’eau classés »Liste 2 ».
Les requérantes critiquaient en premier lieu l’objectif ainsi adopté au regard des dispositions de l’article L. 214-17 du Code de l’environnement, portant sur les conditions dans lesquelles les cours d’eau doivent être classés par les services de l’Etat, et de l’article L. 214-18-1 du même code, relatif aux obligations des propriétaires de moulins.
Plus particulièrement, la légalité de la délibération était posée au regard du principe énoncé à l’article L. 214-17, dans sa version issue de la loi Climat et résilience du 22 août 2021, selon lequel « tout ouvrage [présent sur les cours d’eau classés liste 2] doit y être géré, entretenu et équipé selon des règles définies par l’autorité administrative, en concertation avec le propriétaire ou, à défaut, l’exploitant, sans que puisse être remis en cause son usage actuel ou potentiel, en particulier aux fins de production d’énergie. S’agissant plus particulièrement des moulins à eau, l’entretien, la gestion et l’équipement des ouvrages de retenue sont les seules modalités prévues pour l’accomplissement des obligations relatives au franchissement par les poissons migrateurs et au transport suffisant des sédiments, à l’exclusion de toute autre, notamment de celles portant sur la destruction de ces ouvrages ».
Le moyen ainsi soulevé n’a toutefois pas emporté la conviction du juge qui, reprenant ainsi le raisonnement de la Cour administrative d’appel, a retenu, que les dispositions en cause ne pouvaient être invoquées à l’encontre de la délibération litigieuse qui n’avait « ni pour objet, ni pour effet de modifier les critères de fixation [des listes de cours d’eau qui doivent être fixées en application de l’article L. 214-17 du C. env.], non plus que les obligations qui incombent aux propriétaires des ouvrages concernés en vue de permettre la circulation des poissons migrateurs et le transport suffisant des sédiments ».
En second lieu, les requérantes ont excipé de l’illégalité du schéma d’aménagement de gestion des eaux (SAGE) pour remettre en cause la légalité de la délibération attaquée. Toutefois, ce moyen a également été rejeté au motif que si le programme d’intervention de l’agence devait être compatible avec le SAGE ce dernier n’en constituait pas la base légale, de sorte que l’exception d’illégalité ainsi soulevée inopérante.