Dans un arrêt en date du 5 octobre 2016 (CE, 5 octobre 2016, n° 390874) le Conseil d’Etat a estimé que les dépenses de fonctionnement qu’un Ehpad est tenu, en vertu du Code de l’action sociale et des familles, de répercuter dans le prix de ses opérations taxées sont intégralement détaxables, bien que ces dépenses soient également utilisées pour la réalisation de ses prestations de soins exonérées.

Le Conseil d’Etat, se fondant sur l’arrêt AB SKF de la CJUE du 29 octobre 2009 (aff. 29/08), a ainsi jugé que les dépenses d’administration générale et de fonctionnement ainsi que les dépenses d’entretien général des bâtiments qu’un Ehpad est tenu de répercuter dans le prix de ses seules opérations taxées (hébergement, restauration et assistance à la dépendance) ouvrent intégralement droit à déduction de la TVA les ayant grevées, bien que ces dépenses soient également utilisées pour la réalisation de ses prestations de soins exonérées.

La portée de cet arrêt au regard des principes généraux régissant la déductibilité de la TVA  et notamment de l’application du coefficient de déduction aux dépenses concourant à la fois à la réalisation d’opérations imposables et d’opérations exonérées de TVA reste à déterminer.

En effet, cet arrêt ne tranche pas expressément la question de la déduction de la TVA grevant des dépenses à usage mixte dont le coût est intégralement répercuté dans le prix des opérations taxées, il ne précise également pas si ce principe de déduction intégrale doit être réservé aux seuls cas où la répercussion des dépenses mixtes est prévue par la loi ou le règlement.