L’article 5 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux dispose que : « le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l’année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par l’autorité territoriale. Un congé non pris ne donne lieu à aucune indemnité compensatrice. ».

Cette disposition ne prévoit aucune exception, pas même celle de l’agent se trouvant de l’impossibilité de prendre ses congés annuels pour des motifs indépendants de sa volonté comme la maladie, ou pour des motifs d’intérêt général.

En l’espèce, le Maire de Calvi a pris plusieurs certificats administratifs le 31 janvier 2013 prévoyant le versement d’indemnités compensatrices de congés annuels non pris à deux agents de la Commune qui ne pouvaient prendre leurs congés annuels avant leur admission à la retraite.

Le Préfet devait déférer ces deux décisions et le Tribunal administratif de Bastia, suivant le raisonnement préfectoral, procédait à leur annulation le 23 février 2015.

Saisie par la Commune, la Cour administrative d’appel de Marseille a annulé le jugement de première instance en estimant tout d’abord que les dispositions de l’article 5 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985, qui ne prévoient pas « le cas des agents qui ont été dans l’impossibilité de prendre leurs congés annuels pour des motifs indépendants de leur volonté en raison d’un congé de maladie ou, comme en l’espèce, pour des motifs tirés de l’intérêt du service, et qui se trouvent en fin de relation de travail » sont incompatibles « avec les dispositions de l’article 7 de la directive précitée et, par suite, illégales ».

Pour mémoire, ledit article 7 de la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003 prévoit que : «La période minimale de congé annuel payé ne peut être remplacée par une indemnité financière, sauf en cas de fin de relation de travail ».

Il avait été déjà jugé que cet article faisait obstacle à ce que le droit au congé annuel payé qu’un travailleur n’a pas pu exercer pendant une certaine période parce qu’il était placé en congé de maladie pendant tout ou partie de cette période s’éteigne à l’expiration de celle-ci (CJCE, 20 janvier 2009, aff. C-350/06, AJDA 2009. 245). Cette jurisprudence européenne a récemment été reprise par le Conseil d’Etat dans un arrêt du 14 juin 2017 (req. 391131) mais elle restait jusques là limitée à la seule question du congé de maladie.

Conformément à la jurisprudence européenne (cf. CJCE, 20 juillet 2016, aff. C-341/15), la Cour administrative d’appel de Marseille a étendu son application aux congés n’ayant pu être pris pour des motifs d’intérêt général : les deux agents ayant été empêchés, pour des raisons indépendantes de leur volonté et liées à l’intérêt du service, de bénéficier de leurs droits à congés annuels, c’est régulièrement que le Maire de Calvi a pu leur verser une indemnité compensatrice de congés payés.