Le 28 décembre 2007, le Conseil d’Etat a prononcé la non-conformité de certaines dispositions du décret n° 2016-1110 du 11 août 2016 relatif à la modification des règles applicables à l’évaluation environnementale des projets, plans et programmes à l’article 6 de la directive n° 2011/92/UE du 13/12/11 concernant l’évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l’environnement.
En effet, le juge administratif a été saisi par l’Association France Nature Environnement de moyens tendant à démontrer que les articles R. 122-6 et R. 122-7 du Code de l’environnement, tels que modifiés par le décret du 11 août 2016, précité, n’étaient pas conforme au droit communautaire dès lors que les modifications apportées par le décret maintenaient la désignation du Préfet de Région en qualité d’autorité environnementale consultée pour certains projets susceptibles de porter atteinte à l’environnement.
Plus précisément, les dispositions applicables en vertu du décret du 11 août 2016 distinguaient plusieurs personnes susceptibles d’être désignées comme autorité environnementale en fonction des types de projets soumis à évaluation environnementale. Ainsi, selon les cas, l’autorité environnementale compétente pouvait être, en application de l’article R. 122-6 C. env. soit le Ministre chargé de l’environnement, soit la formation d’autorité environnementale du Conseil général de l’environnement et du développement durable (CGEDD), soit la mission régionale la mission d’autorité environnementale du CGEDD de la région sur le territoire de laquelle le projet doit être réalisé et, dans les autres cas, le Préfet de région. Concernant les cas où une évaluation commune était susceptible d’être mise en œuvre, l’article R. 122-7 C. env. prévoyait que la qualité d’autorité environnementale revenait à formation d’autorité environnementale du CGEDD et, dans les autres cas, le Préfet de région sauf lorsqu’une mission d’autorité environnementale du CGEDD est compétente au titre de l’un de ses projets.
Or le juge constate que les dispositions de l’article 6 de la directive du 13 décembre 2011, telles qu’interprétées par la décision de la CJUE du 20 octobre 2011 (affaire C-74/10), « si elles ne font pas obstacle à ce que l’autorité publique compétente pour autoriser un projet ou en assurer la maîtrise d’ouvrage soit en même temps chargée de la consultation en matière environnementale, elles imposent cependant que, dans une telle situation, une séparation fonctionnelle soit organisée au sein de cette autorité, de manière à ce qu’une entité administrative, interne à celle-ci, dispose d’une autonomie réelle, impliquant notamment qu’elle soit pourvue de moyens administratifs et humains qui lui sont propres, et soit ainsi en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de donner un avis objectif sur le projet concerné ».
A cet égard, il considère donc que les dispositions réglementaires soumises à son contrôle contrevenaient à l’article 6 de la directive précitée, au motif que « la désignation du préfet de région en qualité d’autorité environnementale pour certains projets ou groupes de projets sans qu’aucune disposition du décret attaqué, ni aucune autre disposition législative ou réglementaire ne prévoit de dispositif propre à garantir que, dans les cas où le préfet de région est également compétent pour autoriser le projet concerné ou un ou plusieurs des projets faisant l’objet d’une procédure d’autorisation concomitante, en particulier lorsqu’il agit en sa qualité de préfet du département où se trouve le chef-lieu de la région en vertu de l’article 7 du décret précité du 29 avril 2004, ou dans les cas où il est en charge de l’élaboration ou de la conduite du projet ou d’un ou plusieurs de ces projets au niveau local, la compétence consultative en matière environnementale soit exercée par une entité disposant d’une autonomie réelle à son égard ».
Sur ce motif, la Haute juridiction a prononcé l’annulation des point 11° et 27° de l’article 1er du décret du 11 août 2016 en tant qu’ils maintiennent, au IV de l’article R. 122-6 du code de l’environnement, et qu’ils prévoient, à l’article R. 122-27 du même code, la désignation du préfet de région en qualité d’autorité environnementale.